Катедра „Органична химия” е основана от проф. Стойко Ангелов Стойков през 1948 г. като катедра по Земеделска технология при ВСИ, Пловдив. Ръководители на катедрата са били проф. д.х.н. Христо Ганев Крачанов и доц. д-р Николай Апостолов Кирчев. През 2017 година към катедрата се присъединява катедра „Неорганична химия”. Ръководител на новата катедра „Органична химия и неорганична химия” е проф. дн инж.-хим. Пантелей Петров Денев.
Научната проблематика на катедрата е в областта на хранителната химия, органичната химия, биологично-активни вещества и хранителната технология. Следните по-важни проблеми са обект на научните и насочените приложни изследвания на катедрата: химия и технология на пектиновите вещества; ултразвуков и микровълнов синтез на модифицирани въглехидрати, кинетика и механизъм на базично-катализирани алдолни реакции; аромат и ароматообразуване на хранителни продукти; захаро-аминни взаимодействия - моделни системи, механизъм и кинетика; биосинтез и изолиране на микробни екзополизахариди; йоннообменна хроматография на рацемични бази и природни биологично активни съединения; технология на плодови сокове, пюрета и желирани хранителни продукти; приложение на пектиновите вещества в хранителната технология и медицината. Фитохимия, изолиране, идентифициране и характеристика на вторични метаболити – алкалоиди, терпени и полифеноли. Оползотворяване и приложение на странични продукти на етерично-маслената индустрия. Биологично активни вещества. Синтез, спектрално и структурно охарактеризиране на полиметинови багрила с потенциално приложение в оптичните технологии.
От години катедрата е свързана с Института по органична химия на БАН. Тесни изследователски връзки катедрата има с различни предприятия на консервната, захаропреработващата и винарската промишленост. Полезен научен и учебно-преподавателски обмен е осъществяван с катедрите: по органична химия при МГУ - Москва; по хранителна технология и по органична химия на Университета в Гент (Белгия); по органична химия на Университета в Марсилия (Франция); по хранителна химия на Аграрния университет -Вагенинген (Холандия); по биохимия и технология на храните в Хумболдт -Университет, Берлин, лаборатория по хранителна наука и технологии на институт Meurice, Брюксел, Белгия.
Катедрата е акредитирана за обучение на магистри в научна и образователна степен “доктор” по специалностите: “Органична химия” и “Технология на биологично активните вещества”.
Катедрата обучава студенти от образователно-квалификационната степен “бакалавър” и “магистър” по специалността “Анализ, контрол и екология на храните”, студенти от Стопанския факултет специалност „Храни, хранене и диететика” и “Кетъринг” и магистри от Катедра “Технология на захарта и захарните изделия” по дисциплината “Химия на въглехидратите”.
В катедрата по Органична химия се извеждат следните дисциплини Органична химия, Химия на природните съединения, Съвременни технологии и методи за анализ на биологично активни вещества, Биологично активни вещества в храните,Обща хранителна химия, Механизъм на химичните процеси в хранителните технологии, Химия на храните и процесите – магистри, Хранителен аромат - магистри и Химия на въглехидратите – магистри.
